Словосочетание военно-морской флот как обобщенное название вида вооруженных сил является нарицательным и пишется строчными. Если же речь идет о ВМФ как части вооруженных сил конкретной страны, тогда это наименование становится собственным.

Что касается Военно-Морского Флота как части Вооруженных Сил Российской Федерации: рекомендуемое лингвистическими источниками написание этого сочетания противоречит (как нередко бывает) написанию, принятому в официальной письменной речи. Орфографические словари фиксируют написание Военно-морской флот РФ, однако в официальном «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» зафиксировано: Военно-Морской Флот. Поэтому рекомендуемый вариант: День Военно-Морского Флота.

В словаре Лопатина В. В., Нечаевой И. В. и Чельцовой Л. К. «Прописная или строчная? Орфографический словарь» (М., 2011) рекомендуется в этом имени сказочного персонажа писать все слова с прописной буквы. 

Словарной фиксации нет. Преобладает написание со строчной буквы, этой тенденции и нужно следовать. 

Множественное число существительного выбирается при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет о разных понятиях. Но возможно и единственное число существительного, т. к. эти понятия внутренне связаны между собой (оба флота входят в состав ВМФ России).

Нет, это не омонимы. В сочетании красный командир прилагательное изменило свое значение.

Корректно: красный диплом.